Hejsa!
Det lyder rigtig fedt med arcade maskinen, mindes også at have set idéen på deres eget site på et tidspunkt 
Jeg vil super gerne følge projektet, hvis du får tid til at ligge lidt billeder/tekst op omkring det – hvis du lyster, kan jeg også skrive en artikel til forsiden herpå.
Med hensyn til linux systemer, sad jeg selv med samme følelse, da raspberry pi blev annonceret. Jeg gjorde netop, hvad du selv er inde på: Smed et linux system på en bærbar. For at du er forberedt vil jeg have lov at sige, at det er super frustrerende i starten! Især når man er vant til at det fungerer ret nemt på windows-systemerne. Dog kan du sagtens få en god forståelse ved at få den bootet op og prøvet tingene af – evt. del harddisken op i 2 partitioner og så hav windows på den ene.
Du har ret i, at Debian og Ubuntu er rimelig ens. Som de selv skriver det: “Debian is ‘the rock upon which Ubuntu is built’.” Men hvis du vil lære arkitekturen i systemet at kende, er det bestemt at foretrække at bruge fx Debian frem for Ubuntu (Ubuntu er mere klar til direkte brug, hvis man kan sige det sådan). Efter min erfaring er noget af det vigtigste at få styr på sin kommandoprompt. Derudover kan jeg anbefale http://www.debianguiden.dk/. Jeg har ikke umiddelbart kendskab til bøger/andre sider, men jeg bruger personligt altid en hurtig google søgning, når jeg har et problem.
Held og lykke med projektet!